സിസ്റ്റർ സ്റ്റെഫിയുടെ കൃത്രിമ കന്യാചർമ്മം സിബിഐ പൊക്കി.സിസ്റ്റർ സ്റ്റെഫിക്ക് വൈദികരുമായും പലരുമായി ലൈംഗിക ബന്ധം ഉണ്ടായിരുന്നു എന്നും റിപ്പോർട്ട് ഉണ്ട് .കന്യകയാണെന്ന് തെളിയിക്കാന് കൃത്രിമമായി കന്യാചര്മ്മം വച്ചുപിടിപ്പിയ്ക്കുന്ന ശസ്ത്രിക്രിയയ്ക്ക് സിസ്റ്റര് സെഫി വിധേയമായിരുന്നതായി സിബിഐ സിജെഎം കോടതിയ്ക്ക് മുമ്പാകെ ബോധിപ്പിച്ചിരുന്നു .
സിസ്റ്റര് സെഫിയും ഫാദര് തോമസ് കോട്ടൂരും അവിഹിത ബന്ധത്തിലേര്പ്പെടുന്നത് കണ്ട കാര്യം പുറത്തറിയാതിരിയ്ക്കാനാണ് പ്രതികള് അഭയയെ കൊലപ്പെടുത്തിയത്. താന് കന്യകയാണെന്ന് തെളിഞ്ഞാല് കേസ് ദുര്ബലമാകുമെന്ന് കണ്ടതിനെ തുടര്ന്നാണ് സെഫി ഈ കടുംകൈയ്ക്ക് മുതിര്ന്നത്.സിസ്റ്റർ സെഫി കന്യകയാണെന്ന് സ്ഥാപിക്കാൻ വേണ്ടി കൃത്രിമമായി ഹൈമെനോപ്ലാസ്റ്റി സർജറി ചെയ്തുവെന്ന് ഡോക്ടർ മൊഴി നൽകി. പ്രോസിക്യൂഷൻ പത്തൊൻപതാം സാക്ഷി ആലപ്പുഴ മെഡിക്കൽ കോളേജിലെ ഗൈനക്കോളജി ഡോക്ടർ ഡോ. ലളിതാംബിക കരുണാകരനാണ് സിബിഐ കോടതിയിൽ വിചാരണയ്ക്കിടെ മൊഴി നൽകിയത്.
1992 മാര്ച്ച് 27ന് പുലര്ച്ചെയാണ് സി.അഭയയെ കോട്ടയം പയസ് ടെന്ത് കോണ്വെന്റിലെ കിണറ്റില് മരിച്ചനിലയില് കണ്ടെത്തിയത്. വിവിധ ഏജന്സികള് അന്വേഷിച്ച കേസ് ഒടുവില് ആക്ഷന് കൗണ്സിലിന്റെ സമരത്തെ തുടര്ന്ന് 1993 മാര്ച്ച് 29ന് ഹൈക്കോടതി നിര്ദേശപ്രകാരം സി.ബി.ഐ ഏറ്റെടുക്കുകയായിരുന്നു. 2008ലാണ് പ്രതികള് അറസ്റ്റിലായത്. പിന്നീട് ഇവര് ജാമ്യത്തിലിറങ്ങുകയായിരുന്നു.